La Fiscalía de Ayotzinapa, como órgano del Ministerio Público Federal de la Fiscalía General de la República (FGR), presentará todos los recursos y las propuestas de diligencias necesarias para responsabilizar a quienes, en toda esta trayectoria delictiva, han incumplido con sus funciones. De acuerdo con un comunicado la FGR, destacó que el 31 de mayo de 2018, un Tribunal Colegiado emitió una sentencia en amparo en donde señaló la necesidad de reponer el procedimiento aplicando los protocolos de Estambul a los policías locales y diversos procesados que alegaban haber sido torturados para obtener sus confesiones. Agregó, que también deberían establecerse las sanciones por demoras injustificadas y por dictámenes médicos, además de que se debía crear una comisión de ciudadanos en la que participara la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH) y la Procuraduría General de la República (PGR) para cumplir con las funciones de investigación y persecución de los delitos. Esa sentencia fue impugnada por la PGR al violentar la función constitucional del Ministerio Público Federal; pero también fue apoyada mediante diversos recursos que han permitido la situación que hoy se está enfrentando. Los padres y sus abogados presentaron recursos que han impedido que el pleno de la Suprema Corte de Justicia de la Nación se pronuncie sobre dicha sentencia del Tribunal Colegiado. Durante todo ese lapso se iniciaron diversas denuncias por parte de familiares, organismos internacionales, organismos no gubernamentales y la CNDH en razón de las irregularidades e ilegalidades y abusos que se habían dado en las investigaciones y procesos sobre este asunto, llegando algunos de estos recursos hasta la Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN).