Uno de los refuerzos más importantes del Atlético de San Luis, es el mediocampista colombiano Jhon Duque, también conocido como “El Ingeniero”, por ser Ingeniero Industrial egresado de la Universidad de los Andes. Debutó en el fútbol profesional con La Equidad, jugando como titular el 24 de agosto del 2014 de la mano del entrenador Néstor Otero en la derrota de su club 5 a 1 a manos del Boyacá Chicó, en Tunja, ese sería su único partido con el club bogotano, ya que sufrió una lesión después del encuentro que lo sacaría de las canchas hasta diciembre de ese año. El 21 de diciembre de 2016 se oficializaría su contratación por Millonarios FC para la temporada 2017. El 1 de febrero de 2017 debutó en la Copa Libertadores de América, perdiendo el partido de ida de la primera fase por la mínima frente a Atlético Paranaense en Brasil. Marcaría su primer gol en el partido de vuelta dándole la victoria por la mínima frente al conjunto brasileño, aunque caerían eliminados por penales. El cafetalero Jhon Duque con su gran demostración en la victoria 3 goles a 1 del Atlético de San Luis, ante las Chivas de Guadalajara, espera consolidarse y ser uno de los bastiones del Atlético de San Luis.