Tan solo en el transcurso del actual proceso electoral, Morena ya suma tres judicializaciones y una petición a la dirigencia nacional, además la molestia de militantes y aspirantes ante los cambios inesperados, y la falta de comunicación entre las dirigencias estatal y nacional. A esto se suman un zafarrancho, una manifestación y ya dos prórrogas a la convocatoria. El primer traspié del partido en este periodo electoral fue la irrupción de un grupo de sus militantes para evitar la alianza con el Partido Verde Ecologista de México (PVEM). El 10 de noviembre, en el límite para el registro de coaliciones, militantes morenistas llegaron a las instalaciones del Consejo Estatal Electoral y de Participación Ciudadana (Ceepac) para evitar que por parte de la dirigencia nacional se consolidara dicha unión causando un zafarrancho. Este evento terminó con una denuncia ante la Fiscalía de Delitos Electorales por daños y violencia. A este acto le siguió una manifestación en la sede nacional del partido por parte de militantes que exigían no ir vinculados con el PVEM en el proceso electoral. Tras la publicación de la convocatoria para la candidatura a la gubernatura, el dirigente nacional del partido, Mario Delgado, se reunió con cuatro personajes que públicamente habían manifestado su interés por llevar la candidatura. Juan Ramiro Robledo Ruíz, Adrián Esper Cárdenas, Leonel Serrato Sánchez y el Senador del partido, Primo Dothé Mata fueron los citados, lo que provocó la molestia en el resto de los aspirantes. Llegado el 4 de diciembre, en la sede del Comité Ejecutivo Nacional, a la convocatoria respondieron trece interesados, que se registraron y esperaron los resultados de una encuesta de preferencia del voto que nunca fueron dados a conocer por la Comisión Nacional de Elecciones.  Posteriormente y obedeciendo los lineamientos de paridad de género del Instituto Nacional Electoral (INE), la dirigencia nacional determinó el 30 de diciembre, que, en San Luis Potosí se tendría una candidata, dejando de lado a la gran mayoría de los aspirantes, que además no fueron notificados con anticipación. Esta situación generó no solo la sorpresa de propios y extraños en el partido, sino que, además, la molestia de aspirantes y militantes. Fue así que el 3 de enero, los candidatos hombres emitieron un comunicado en el que aseguraban entender la genuina convicción del principio de equidad de género, sin embargo, solicitaban que se les diera a conocer el resultado de la encuesta de preferencia del voto, lo cual no ha sucedido. El documento señalado fue firmado por José Ricardo Delsol Estrada, Octavio García Rivas, Juan Ramiro Robledo Ruíz, Adrián Esper Cárdenas, José Antonio Lorca Valle y Leonel Serrato Sánchez. El 5 de enero, el diputado federal José Ricardo Delsol, presentó una impugnación ante el Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación (TEPJF), argumentando irregularidades en el proceso. A esta impugnación, se sumaría la de Leonel Serrato Sánchez, quien el 6 de enero presentó el documento ante el Tribunal Electoral del Estado de San Luis Potosí, en contra de la dirigencia nacional del partido, en un juicio que busca la protección de los derechos político-electorales del ciudadano. Con este panorama, las posibilidades se centraban en Marcelina Oviedo Oviedo,

Francisca Reséndiz Lara y María del Consuelo Jonguitud; pero el 12 de enero la dirigencia nacional determinó un ajuste en su convocatoria, abriendo la posibilidad de que otras mujeres se registren para el proceso. Esto dio pie a la tercera impugnación, presentada por Francisca Reséndiz Lara este 14 de enero ante el Tribunal Electoral del Estado, por violación a los derechos político-electorales. A nivel nacional y a un corte del 5 de enero, el partido ya acumulaba 12 impugnaciones por fraude, irregularidades en el proceso y simulación. Esto por parte de aspirantes a las candidaturas de Guerrero, Zacatecas, Nuevo León, Michoacán y San Luis Potosí.