Según datos de la página de transparencia de la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH), de 2016 a la fecha se han presentado 44 quejas en contra de la Secretaría de la Defensa Nacional y 58 en contra de la Secretaría de Marina.

Según los datos, al menos el 50 por ciento de las quejas llegaron a denuncia, la mayoría fueron presentadas ante las dependencias y se encuentran en proceso de resolución, estas quejas fueron presentadas tanto por actos indebidos de las secretarías como por omisiones en contra de los ciudadanos. Mientras en 2016 se registraron 10 denuncias en contra de la Secretaria de la Defensa Nacional, durante 2017 se han presentado 34, triplicándose las quejas en este periodo de tiempo. En los últimos 10 años, el Ejército recibió 125 recomendaciones de la CNDH en materia de derechos humanos, discriminación o equidad de género, de las cuales, en 18 casos falta cumplimiento, precisan las estadísticas oficiales. El Ejército tiene 85.6% de avance en el cumplimiento de las recomendaciones que recibió entre 2007 y 2017. La mayoría de las observaciones de la CNDH corresponden a investigaciones del organismo derivadas de hechos relacionados con actividades de las Fuerzas Armadas en contra de la delincuencia organizada, o en coadyuvancia para la seguridad pública en distintas entidades. Del total, 90% de las observaciones de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos son de la pasada administración, por violaciones cometidas entre los años 2007 y 2012, en ese periodo fueron emitidas y aceptadas 113 recomendaciones, de las cuales, ocho están etapa de cumplimiento, es decir, la Sedena tiene un 93% de efectividad. De estas, la recomendación más atrasada en cumplimiento es la 77/2009, emitida el 30 de diciembre de 2009, que sigue pendiente. En esta administración, la Defensa Nacional ha recibido y aceptado 12 recomendaciones, de las cuales 10 están en fase de cumplimiento. La última corresponde a “la detención arbitraria, retención ilegal, cateo ilegal, así como tortura en agravio de una víctima, en Ajuchitlán, Oaxaca”, emitida el 27 de febrero de 2017. Esta cantidad representa 83% de recomendaciones pendientes de cumplir por la Defensa Nacional. En el Senado está analizándose la nueva Ley de Seguridad Interior, que pretende dar un marco regulatorio a la presencia de las corporaciones federales, incluido el Ejército y la Marina, en esta propuesta se podría permitir la intervención y patrullaje de las corporaciones en municipios y estados donde se comprometa la seguridad interna de las localidades, sin embargo de acuerdo a los reportes de la CNDH, en tanta más presencia mantienen las fuerzas, más se incrementan las denuncias. Expertos en materia de seguridad temen que las que las violaciones de los derechos humanos por parte de los elementos, se incrementen, pues no se da una capacitación en la materia, únicamente se da un entrenamiento reactivo y de defensa.